Kolejne przykre konsekwencje ludzkiej działalności odbijają się na morzach i oceanach. Do tej pory  wydawałoby się nie naruszone akweny wodne, coraz częściej giną pod naporem rozwoju cywilizacyjnego. W obliczu nadmiernej eksploatacji pojawia się problem zagrożenie wyginięciem fauny i flory morskiej.

Wśród gatunków morskich, w najgorszej sytuacji są wieloryby. Intensywny połów wpisał wiele z nich na listę gatunków zagrożonych. Tendencji tej w 1986 roku starano się zapobiec wprowadzając międzynarodowy zakaz połowu i handlu waleniami. Niestety kraje takie jak Norwegia czy Japonia, ciągle pozwalają na nieskrępowany przybrzeżny połów do celów własnych. Tą lukę w prawie wykorzystuje się do nielegalnego handlu na dużą skalę. Bardzo szkodliwe, nie tylko dla wielorybów, ale dla wszystkich zwierząt morskich są sonary. Niskie częstotliwości wysłane przez urządzenia dezorientują i płoszą ryby.

Poszukiwanie nowych zasobów ropy naftowej i gazu ziemnego zagraża czystości oceanów. Maszyny wykonujące odwierty, prowadzącą działalność zakrojoną na szeroką skalę. Odpady i wycieki pozostawiane przez koncerny, z powodu prądów nie mogą być skutecznie usuwane. Plamy ropy mogą „podpłynąć” nawet do wybrzeży i wybijać ogromne ilości ryb. Zanieczyszczenie „atakują” również rafy koralowe i wytruwają całe pławice ryb. Przy dużym stężeniu ścieków kanalizacyjnych obumierają algi morski, co prowadzi do powstawania „martwych stref”. Na terenach tych poziom tlenu jest tak niski, że nie możliwe jest utrzymanie życia.

W okolicach Oceanii, gdzie prowadzone były testy broni jądrowej potęguje się zjawisko zbyt wysokiego stężenia wzbogacanego uranu i innych pierwiastków promieniotwórczych. Podobna sytuacja jest na północ od wysp brytyjskich, gdzie usuwana jest woda chłodząca reaktor. Odpady radioaktywne bardzo szybko rozprzestrzeniają się po oceanach, prowadząc do mutacji płodów u mniejszych ryb i żyjątek morskich. Większość mutacji jest śmiertelna, a więc ryby nie mają możliwości rozmnażać się. Jeżeli taki los spotka większe ryby, to możemy być światkami masowego wymierania morskiej fauny. Inna sprawa, że wiele gatunków ryb z tamtych terenów trafia do sklepów na całym świecie, a więc zagrożone jest również zdrowie człowieka.